다만 한국거래소는 상장규정에서 정하는 바와 같이 내부적으로 이의신청의 절차를 마련해두고 있는바, 그와 같은 방법에 의하여 구제를 받을 수도 있고, 오히려최근에는 이의신청의 절차를 거치는 것이 일반적이라고 할 수 있습니다.
통상 상장폐지 사유가 발생하면(가장 대표적인 사유는 외부감사인의 감사의견 거절입니다) 한국거래소는 상장폐지 절차를 진행하게 되는데, 대상 기업은 상장규정이 정하는 바에 따라 상장폐지에 대한 이의신청을 합니다. 이 경우 대부분의 경우 한국거래소는 1년 정도의 개선기간을 부여하는데, 이러한 개선기간 내에 상장폐지사유를 해소하는 경우에는 상장을 유지할 수도 있습니다. 다만, 그러한 경우에도 다시 상장폐지실질심사 사유가 존재함을 이유로 1년간 추가로 개선기간을 부여한 후에 거래가 재기되는 경우가 많습니다.
과거에는 감사의견 거절의 상장폐지 사유의 경우에는 개선기간 내에 의견거절된 사업연도의 재무제표에 대한 재감사를 받아 감사의견 적정 또는 한정 의견을 받아야 상장을 유지할 수 있었는데, 몇 년 전부터는 차년도 사업연도의 재무제표에 대하여 감사의견 적정을 받는 경우에도 상장폐지사유가 해소된 것으로 인정받을 수 있게 되었습니다.
이러한 이유에서 종전과는 달리 감사의견 거절의 경우에 바로 상장폐지가 되는 경우는 드물게 되었고, 한국거래소가 개선기간을 부여하는 것이 일반적인 경우가 되었습니다(과거에는 의견거절을 한 당해 외부감사인의 재감사를 거쳐 감사의견을 변경하여야 했기 때문에 재감사의 가능성이 확인되지 않으면 개선기간을 부여받지 못한 채 상장이 폐지되는 경우도 있었습니다).
과거 저도 유가증권 시장 상장 기업이 감사의견을 거절 받아 상장폐지의 위험에 놓인 상황에서 해당 기업이 한국거래소에 이의신청을 하여 개선기간을 부여받은 후, 재감사를 거쳐 감사의견 적정의견을 받아 상장이 유지되는 과정에서 관련 업무를 수행하기도 했었지요. 긴 시간 참으로 어렵고 힘든 싸움이었습니다만, 그래도 상장이 유지되어 보람이 컸습니다. 해당 기업은 현재도 상장회사의 지위를 여전히 유지하고 있습니다.
한국거래소 내부의 이의절차를 제외하면, 결국 상장폐지결정에 대하여는 그 효력의 당부에 대하여 민사소송을 제기하는 것으로 구제를 시도해볼 수 있을 것입니다. 즉 상장폐지결정에 대한 무효확인의 소로써 상장이라는 법률관계의 존속이라는 구제를 받을 수 있을 것입니다. 다만 이 경우 본안소송의 판단이 내려지기까지는 상당한 기간 동안 법률관계가 불안정하게 되는 문제가 있어, 상장폐지결정에 대하여 효력정지를 구하는 가처분을 신청하는 것이 필요합니다.
다만 법원을 통하여 구제를 시도하더라도 약관으로서 계약의 내용에 편입된 상장폐지에 관한 제반 규정들이 적용되는 이상 그와 같은 규정을 적용한 상장폐지결정을 위법, 부당한 것이라는 판단을 받는 것이 이상해지는 면이 있을 수 있는데, 보통은 상장규정의 적용에 있어서 한국거래소가 재량을 남용하여 형평의 원칙이나 신의칙을 위반하였다고 주장하는 경우가 많습니다. 상장규정을 잘 찾아보면 6개월의 추가 개선기간을 부여할 수 있는 근거규정이 마련되어 있기 때문에, 추가 개선기간을 부여하지 않고 무조건 상장을 폐지시키는 것이 언제나 타당하다고 할 수는 없을 것입니다. 실제로 법원이 추가 개선기간을 부여하지 않고 상장을 폐지시킨 것은 무효라고 판단한 선례도 존재합니다.